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纵向合并可以稳定原材料供应和销售渠道，节约交易费用；可以降低单位产品成本，有利于实现规模经济和范围经济；有效地促进企业资金的合理流动，改善企业经营管理，提高企业的竞争力；有利于资源的优化配置。虽然纵向合并也可能具有扭曲资源配置的影响，但不像横向合并那样直接减少了市场上的竞争者，各国的反垄断法对其管制相对宽松。
一、市场集中与进入障碍
哈佛学派认为市场结构、市场行为和市场运行结果之间存在着一定的因果关系。合并政策的重点是关注市场结构，认为“一个比较好的市场结构是在企业间开展有效竞争的前提条件”。该学派认为，纵向合并不会提高市场运行质量而可能造成市场扭曲，是企业产生或加强市场支配地位的工具。因为纵向合并减少了没有参加合并的企业的交易机会，限制了它们进入市场的渠道；可以提高进入市场的障碍；必然会导致价格歧视。芝加哥学派则完全不承认市场结构、市场行为和市场运行之间存在着某种关系，认为市场结构是市场内部各个力量对比的反映，市场的高度集中是因为大企业有高效率的结果，因此反对政府对企业合并进行干预。具体地说，两个学派的主要分歧表现在对市场集中度和进入障碍的不同态度上。
1、市场集中度
根据美国司法部1968年企业合并指南，纵向合并对生产商的竞争者关闭的市场份额被看作是评价合并的最重要因素。与横向合并不同，合并企业的市场份额并不是认定合并合法与违法最重要的标准。1982年合并指南遵循了这一思路，认为除较高的市场集中度以外，市场进入障碍以及其他因素都是同等重要的标准。1980年德国反对限制竞争法增加了新的法定推断，“这些推断不是基于可以测定的企业市场份额而是基于显著的市场地位，即基于大企业的财力推断它们对市场行为的影响”。所以，对纵向合并进行干预不能以市场份额或市场集中度为最重要的标准，应当考虑合并企业的所有相关情况来评价合并后的企业是否可能限制竞争。
2、进入障碍
根据美国司法部1968年企业合并指南，在认定合并违法时市场份额是最重要的标准，进入障碍是次要标准。而1982年的企业合并指南把进入障碍作为分析企业合并的同样重要的因素。对于横向合并，“如果市场实际上不存在进入障碍，或者进入障碍很低，司法部将不考虑市场集中度这一标准而批准合并”。从短期看，进入一个市场特别是有集中趋势的市场与其能够制约市场上的垄断者之间存在着时滞，因为一个进入者建立企业和实际经营需要时间；从长期看，进入则相对容易，因为垄断者长期获得垄断利润会吸引潜在进入者进入市场。通过合并产生或加强市场支配地位的企业不一定会滥用其地位削弱竞争。
二、效率辩护
美国司法部1968年企业合并指南虽然将提高效率作为豁免某些合并的理由，但仅限于特殊案件。以提高效率为豁免理由事实上只是涉及到有大企业参与的合并。一般来说，合并是否提高了效率或究竟在多大程度上提高了效率很难调查和评价。1984年企业合并指南则将提高效率作为豁免合并的一般原则，认为在一般情况下，应当允许企业通过与其他企业合并的方式改善其经济效益。在合并本来应当被禁止的情况下，如果能合理预见合并将产生具有重大意义的效率，并且参与合并的企业能够提供明确的且有说服力的证据，证明合并将会显著地提高企业的经济效率，该合并也可以不受司法部的干预。反垄断法只是干预一些具有严重反竞争效果的合并，而不妨碍大多数的合并。
德国法和欧盟法也运用效率方法分析纵向合并。德国反对限制竞争法第36条第1款和第42条第3款规定表明市场结构标准和效率准则一并考虑。有学者认为欧共体合并控制条例第2条第3款是以维护竞争性的市场结构为导向，未包含效率要求，但现在欧共体改变了态度。根据《欧共体理事会关于控制企业合并的第139/2004号条例》，在评价合并对共同体竞争的影响时，有必要考虑合并对相关企业的效率所作的重大或者可能的推动。合并所产生的效率可能会抵消它对竞争所造成的损害，特别对消费者潜在的损害。结果是，这个合并虽然能够产生或者加强市场支配地位，但没有严重损害共同体市场或其重大部分的有效竞争。欧共体企业合并法律制度对待效率的态度就与德国、美国法基本保持一致。
三、交易费用研究方法对纵向合并法的影响
哈佛学派注重高市场集中度对市场竞争的不利影响，芝加哥学派则以效率为企业合并辩护。与这两个学派不同，新制度经济学派以交易费用范式为主要方法，假定纵向合并是增进效率的；以“结构-行为-绩效”范式为补充，认为在严格的寡头垄断行业（生产同质产品的高度集中产业，存在重大的进入壁垒，处于某个成熟的发展阶段）中，对纵向合并应当进行严格审查，因为合并可能会导致更大程度的相互依赖以促进价格卡特尔的形成。但是，“处于这样一种形势之中的企业，如果它们可以肯定地证实，受到审查的纵向限制实现了重大的交易费用经济，那么就不应指控或确认它们犯有违反反托拉斯法的罪行。”新制度经济学派设计的一般规则是纵向合并增进效率，对纵向合并进行严格审查只是个例外。
新制度经济学派不像哈佛学派那样以市场结构为主要因素分析纵向合并，主张对其严格审查，而是倾向芝加哥学派，但又与主张把反垄断法简化成一个或两个条文的芝加哥学派不同，认为分析纵向合并的影响时应主要考虑交易费用经济或效率因素，设计反垄断法中的纵向合并制度是必要的。
四、纵向合并的合法与违法
反垄断法理论和制度的趋势是：对纵向合并合并基本上不干预，因为许多合并很少对竞争造成威胁，合并不会削弱竞争而是推动竞争。只有参与纵向合并的一个或全部企业已经在相关市场上取得了市场支配地位，通过合并加强了支配地位，这种纵向合并才可能受到干预。而对于横向合并，即使参与合并的企业在相关市场上不占有支配地位，通过合并取得了支配地位，合并就可能受到干预。
1、纵向合并提高效率而不损害消费者利益
大企业是技术创新与经济效率的发动机。处于激烈的市场竞争中的大企业的经营与创新活动不仅会提高自身的效率（排斥低效率的企业），也会动态优化市场结构和优化资源配置，促进全社会的技术进步，提高社会整体福利，从长远利益看更有利于消费者。所以，反垄断法应只是干预推动行使市场势力的合并，并优先使用效率原则为大企业的合并辩护。如果说大企业的合并可能会恶化中小企业的竞争环境从而导致不平等的竞争条件，那么这种创造效率的不平等会在更深的层次上实现社会公正。反垄断法保护的是竞争，而不是竞争者。
有人认为效率辩护应当考虑消费者福利这一因素，即把效率带来的好处与消费者的福利相比较，考察效率带来的好处是否足以阻止相关市场上的对消费者的涨价。但即使效率主张的内容经过合理、诚实论证，由于它是对将来发生的事情进行举证，难以确实地证明和量化，而且合并后效率也可能没有实现，所以有必要设立这样一个制度：合并后5-10年内（行业不同，期限不同）未提高效率并且实施有害于消费者的垄断行为，应当其合并附加条件甚至解散合并；当局应当证明合并与有害于消费者的垄断行为之间有直接、必然的因果关系。之所以对消费者福利这个对效率辩护的重大限制规定严格的条件，是因为虽然芝加哥学派认为美国反垄断法的目的有两个：提高企业效率和保护消费者利益，但有学者认为现在美国反垄断法只有一个目的：提高企业效率。这一变化代表了正确的方向，因为消费者没有动力起诉横向合并行为，更没有动力起诉纵向合并行为，因为合并进行时消费者并没有受到损害，而且在大多数案件中，合并对消费者和市场竞争的损害都是将来可能出现的。
2、本身合法原则
基于效率价值，有必要建立本身合法原则来设计纵向合并规则。该原则要求，一般情况下，应推定纵向合并合法。该原则有两个例外：合并的实施带有排他目的或其他非法目的（例如，为了支持一个卡特尔）；一个行业中存在寡头垄断，而且经常发生滥用市场支配地位行为。这两种情形下的纵向合并可以运用合理原则来分析。合理原则是本身合法原则的例外。
纵向合并比横向合并对市场竞争的威胁要小，横向合并直接消灭了一个竞争者，但对横向合并也只是运用合理原则进行分析，对纵向合并就不能应用合理原则。再者，处于效率与公平冲突之中的价格歧视也是运用合理原则进行评价。
3、采用“严重损害竞争”标准
克莱顿法第7条的规定提出了一个认定合并的合法与违法的基本标准：大大地削弱竞争或创造垄断。欧共体现在虽然对效率标准的态度有所变化，但仍然使用“市场支配地位”标准。
我国法应采取美国的“严重损害竞争”标准，不采取欧共体的“市场支配地位”标准。“严重损害竞争标准较其他标准更为合适，因为这个标准考虑了经济因素，从而可以避免市场支配地位标准的过于僵硬的做法。而且，支配地位标准被认为是过于重视静态结构的因素，例如行业的规模或行业的集中度，而没有充分考虑动态的或行为的因素。严重损害竞争标准采用了经济学以及产业组织研究中较为复杂的微观经济的理论、工具和模型等分析方法，注重效果分析，从而更具有灵活性。”我国应采取竞争政策和产业政策并行适用而不是竞争政策优先的做法来处理纵向合并案件，采取“严重损害竞争”标准更有利于取得规模经济。