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一、《通知》对个人所得税的完善
1、对扣除费用的完善：
（1）合理费用界限更加明确、扣除限额更加量性化
按156号文件，个税按“转让收入－房屋原值－转让住房过程中缴纳的税金及有关合理费用”的20％征收。转让住房过程中缴纳的税金是指：纳税人转让住房时实际缴纳的营业税、城市维护建设税、教育费附加、土地增值税、印花税等税金，“转让住房过程中缴纳的税金及有关合理费用”中对合理费用规定的有些不清。
《通知》对于“合理费用”与之前的文件相比有了更明确的界定：合理费用包括实际支付的住房装修费用、住房贷款利息、手续费、公证费等费用。其中支付的住房装修费用需要纳税人能提供实际支付装修费用的税务统一发票，并且发票上所列付款人姓名与转让房屋产权人一致。已购公有住房、经济适用房最高扣除限额为房屋原值的15％；商品房及其他住房最高扣除限额为房屋原值的10％。如果实际发生的扣除费用大于房屋原值的15％（或10％）时，按房屋原值的15％（或10％）来扣，等于或小于时，按实际发生数来扣。但纳税人原购房为装修房，即合同注明房价款中含有装修费（铺装了地板，装配了洁具、厨具等）的，不得再重复扣除装修费用。
若出售的是以按揭贷款方式购置的住房，其向贷款银行实际支付的住房贷款利息，凭贷款银行出具的有效证明据实扣除。
此外，纳税人按照有关规定实际支付的手续费、公证费等，凭有关部门出具的有效证明据实扣除。
（2）“所得”界定明确
108号文第一条就明确规定：对住房转让所得征收个人所得税时，以实际成交价格为转让收入。纳税人申报的住房成交价格明显低于市场价格且无正当理由的，征收机关依法有权根据有关信息核定其转让收入，但必须保证各税种计税价格一致，并对商品房、自建住房、经济适用房、已购公有住房以及城镇拆迁安置住房五类房产的原值均有明确规定。
若纳税人未提供完整、准确的房屋原值凭证，不能正确计算房屋原值和应纳税额的，按纳税人住房转让收入的一定比例核定应纳个人所得税额。具体比例由地税部门根据纳税人出售住房的所处区域、地理位置、建造时间、房屋类型、住房平均价格水平等因素，在住房转让收入1％－3％的幅度内确定。这主要是针对以往通过做低房价方式规避税收的做法。
（3）“房地产原值”定义更加明确
对于房地产原值，国家税务总局首次明确了5种不同住房的标准。
①商品房：购置该房屋时实际支付的房价款及交纳的相关税费。
②自建住房：实际发生的建造费用及建造和取得产权时实际交纳的相关税费。
③经济适用房：原购房人实际支付的房价款及相关税费，以及按规定交纳的土地出让金。
④已购公有住房：原购公有住房标准面积按当地经济适用房价格计算的房价款，加上原购公有住房超标准面积实际支付的房价款以及按规定向财政部门或原产权单位交纳的所得收益及相关税费。
⑤城镇拆迁安置住房：
其原值的确定包括四种情形，分别为：
第
一、房屋拆迁取得货币补偿后购置房屋的，为购置该房屋实际支付的房价款及交纳的相关税费；
第
二、房屋拆迁采取产权调换方式的，所调换房屋原值为《房屋拆迁补偿安置协议》注明的价款及交纳的相关税费；
第
三、房屋拆迁采取产权调换方式，被拆迁人除取得所调换房屋，又取得部分货币补偿的，所调换房屋原值为《房屋拆迁补偿安置协议》注明的价款和交纳的相关税费，减去货币补偿后的余额；
第
四、房屋拆迁采取产权调换方式，被拆迁人取得所调换房屋，又支付部分货币的，所调换房屋原值为《房屋拆迁补偿安置协议》注明的价款，加上所支付的货币及交纳的相关税费。
二、二手房强征个税面临的现实问题
（一）一年内租房，以后买房保证金退不退？
《通知》对出售自有住房并拟在现住房出售1年内按市场价重新购房的纳税人,其出售现住房所缴纳的个人所得税，先以纳税保证金形式缴纳，再视其重新购房的金额与原住房销售额的关系，全部或部分退还纳税保证金。
一年内卖房买房，可全部或部分退还纳税保证金，假使某市民在卖了房子后，一年内没有买房，也没有第二套房子住，而是一直在租房子住，超过一年后再买房，是不是就不会退还纳税保证金了？这从情理上是说不通的。
（二）如何认定家庭自住唯一用房
《通知》对个人转让自用5年以上，并且是家庭唯一生活用房取得的所得，免征个人所得税。
家庭自住唯一用房如何认定？需出示哪些证明文件？惟一是指家庭所有成员只拥有一套住房还是家庭成员1个人拥有一套住房？有些家庭是大家庭，一本户口簿，2～3套住宅的可以分开户口，那么登记在其中一人名下的房产是否就可以变为共有财产而避开税收？一个家庭以几个人为准？这些都是需要具体细则才可以执行的。
自住满5年从什么时候开始算？对于不同的城市，国家应该不同对待。对于中小城市来说，征收个税将增加购房人的压力，房价可能会继续往上跑，各地方的经济发展不一样，征收个税各地按各地的实际情况制定。
（三）费用扣除弹性造成漏洞
1、《通知》规定纳税人未提供完整、准确的房屋原值凭证，不能正确计算房屋原值和应纳税额的，税务机关可按纳税人住房转让收入的一定比例核定应纳个人所得税额；还有规定如果纳税人申报的住房成交价格明显低于市场价格，征收机关有权根据有关信息核定其转让收入。但实际上，诸如所处区域、地理位置、建造时间、房屋类型、住房平均价格水平等等这些用来确定房屋原值或成交价格的因素，在税收机构间很难确切把握，具体操作起来颇为含糊。
2、《通知》划定了可以扣减的合理税费范围，如纳税人按照规定实际支付的住房装修费用、住房贷款利息、手续费、公证费等费用，都是要免税的，这些费用数值弹性度非常之大，给纳税人带来很多可钻的空子。
3、可以扣除的合理费用是指纳税人按照规定实际支付的住房装修费用、住房贷款利息、手续费、公证费等费用。但维修费，中介费，利息等合理费用没有限制，有的说是民间借款，这些利息怎么计算？免税装修费用的扣除比例上也有不合理的地方，
按《通知》规定，装修、按揭等费用可予扣除，支付的装修费需要纳税人提供实际支付装修费用的税务统一发票。现在大多数业主装修房屋时，未严格要求装修公司开具发票。即便要开的，也往往可以要求装修公司多开装修金额，冲抵更多的合理费用。对此针对相关的银行房贷利息、手续费的发票凭证的作假行为及装修假发票等，应该有严格的监察流程。
显然，面对可能出现的种种新的投机行为，这个政策还缺乏如何监管的细致规定。
在征收个人所得税的政策上，还有很多值得探讨的地方。这次政策的有关规定存在一些“漏洞”，如果没有具体操作细则的话，实际执行存在困难。
税负是可以转嫁的，如果买房者的需求强烈，税负便可轻松转嫁给买房者，最终使得二手房市场价涨量跌，让那些自住自用健康的刚性需求受到伤害。
在我国目前用来活跃市场的措施过于欠缺的情况下。如果没有系统性配套措施来抑制过高房价，或者有效大幅增加二手房房源，在房地产市场处于卖方市场的条件下，房价继续上升，那么强征个税只会使得卖家囤积居奇或者加价出手，这样的话，加税的调节必然失效。
这几年我国房价持续攀升，一个重要的原因就是房地产的投机行为一直难以抑制，而房地产的投机必须借助“二手房”市场才能实现。因此，完善“二手房”市场的税收调节，也就成了抑制投机的重要环节。去年出台的“国八条”，强调运用营业税进行调节，但“2年”的“门槛”实际上削弱了营业税的调节力度，一旦熬过2年，营业税或者无能为力，或者大打折扣。而如果对房产转让所得征收个税，则不存在期限的空子，无论何时转让，都可以发挥个税的调节作用。因此，国家税务总局于2006年7月18日下发了《关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知》（国税发[2006]108号，以下简称《通知》），并于2006年8月1日起正式实施。以此，让二手房市场上争议12年之久的个人所得税征收问题有了明确的答案。它对加强二手房个税的征管，完善税制度起到应有的作用，但执行起来也存在征收的漏洞。