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作者:陈吉娜单位:福建正德信司法鉴定所
以单核苷酸多态性(SNP)为核心的dna分子标记:SNP是基因组中单个碱基缺失和插入,单个核苷酸的颠换产生的差异。SNP位点几乎遍布于整个基因组;其遗传稳定性高,易于进行自动化分析。
SNP在种群中是二等位基因性的,部分SNP可能会直接影响蛋白质的结构或基因表达水平。对于SNP的检测可以通过经典的凝胶电泳法以及高通量的检测方法如,DNA测序法、DNA芯片检测、飞行质谱仪检测、变性高效液相色谱法等。Westen等和Mead等的实验结果均表明,对于腐败降解的检材,SNP的DNA分析结果较STR的分析结果好。
用于法医学的DNA分子标记技术
1常染色体分析:随着复合荧光标记技术以及自动分型仪器的使用,使得工作者能从少量的DNA检材中获得遗传信息,STR-PCR分析已经成为法医DNA检验中的主要技术手段。人体基因组中含有高变区,这些高变区是一些串联重复序列。STR广泛存在于真核生物基因组中,其核心序列为2~6bp,重复次数通常在5~40之间。STR具有多态性高,操作简单、检测灵敏度高等优点。自20世纪末STRs商业试剂盒投入生产并广泛使用以来,大批商业试剂盒,都包含有15~16个高多样性的STR基因座,例如PowerPlex○RESX、ESI系统、AmpFlSTR○RNGM,这些试剂盒在引物设计,缓冲液成分、扩增条件,提高痕量样本的分析等方面进行了改进。同时商业试剂也在处理降解DNA和痕量DNA方面进行改进,例如减少旁侧区的扩增长度,增加核心位点,如miniSTR,以适合更多痕量检材的检测。
2性染色体分析:对于常染色分析受限的检材,性染色体STR为法医个体识别和亲权鉴定提供了新途径。Y染色体由父亲直接遗传给儿子,大部分Y染色体不发生重组,后代遗传变异小,在男性组织成分的个体识别和父系家族的亲权鉴定中具有独特的应用价值。Thomas等利用电离飞行时间质谱分析了来自不同种族的16个Y-STR基因座,结果可行。由于Y-STR的局限性,在应用Y-STR进行家系调查时应注意应用的范围,排查前要收集族谱,明确家庭间的遗传关系。X-STR对于双亲缺乏的同父异母姐妹亲缘关系认定、涉及父女关系的单亲亲权鉴定等方面案件有特殊作用。X染色体在遗传过程中为性连锁遗传,在X-STR的应用中应注意连锁不平衡和单倍体等问题。单个STR基因座能提供的信息量有限,主要依靠X-STR复合扩增体系。畅晶晶等通过中国华东地区汉族人群200个无关个体的调查建立遗传学资料,筛选出了48个位点分型结果稳定、重复性好的X-SNP位点。
3线粒体DNA分析:人类线粒体DNA(mtDNA)是分布于细胞核外的人类遗传物质,存在于各种组织、细胞中,呈稳定的母系遗传,mtDNA序列多态性大多局限于D-Loop区。除血、组织等常见检材外,毛发、指甲等特殊检材也可以用于mtDNA分析。目前主要采用荧光标记的循环测序法进行mtDNA测序,但检测成本较高,应用受到一定限制。国外已建立有专门的mtDNA数据库EMPOP(EuropeanmtDNAPopulationDatabase)。张明阳等采用限制性片段长度多态性PCR(PCR-RFLP)法,用限制酶RsaI和MnlI消化线粒体DNA控制区(mtDNAD-LOOP区),检测mtDNA,认为PCR-RFLP法适合在基层实验室中用于mtDNA分析。
4全基因组扩增(WGA):以PCR技术为基础的荧光标记STR分型技术在触及模板DNA的量极少时,PCR扩增就会发生随机效应,杂合子会现不对称扩增,甚至出现等位基因丢失的检验结果。对于一些高度降解、痕量的DNA检材,常常因为DNA模板不足而无法成功检测。WGA技术是对整个基因组序列进行非选择性的扩增,该技术可以对痕量的组织、甚至单个细胞的进行全基因组扩增。WGA主要分为两类:一类是基于PCR的WGA技术,主要有简并寡核苷酸引物PCR(DOP-PCR)、连接反应介导PCR(LM-PCR)、扩增前引物延伸反应(PEP);但这些方法都不适用于痕量模板的扩增。另一类是基于等温反应的WGA技术,如:多重置换扩增(MDA)和基于引物酶的全基因组扩增技术(pWGA)。全自动化工作站和DNA自动序列分析技术的开发和应用,实现了生物检材进行批量处理分析。随着分子生物学理论与技术的不断发展和完善,通过生物信息学、基因芯片等高新分子标记技术的相互融合、渗透以及DNA数据库的建立,必将不断开发出更多信息量大、准确度高、成本低的适用于法医工作的分子标记技术。